本系發展目標：
針對國內環境工程與科學領域發展及高科技研發之趨勢，並配合本校中長程發展計畫，規劃完善的環境工程與科學領域之整體課程，以培育兼具環境工程與科學知能之專才，並訂定下列十項發展目標：

1. 高級淨水及水資源回收程序 。
2. 環境系統模擬分析及風險評估。
3. 生物科技於環境污染防治之應用。
4. 工業污染防治及廢棄物資源化技術。
5. 大氣環境變遷及空氣污染防制技術。
6. 海洋污染防治及海岸環境變遷。
7. 綠色科技及永續發展研究。
8. 勞工安全衛生與健康風險評估。
9. 土壤及地下水整治復育技術。
10. 環境毒理及生物偵測。